Pastoor stond eerder aan het roer bij Excelsior, Sparta Rotterdam en Almere City FC, waarmee hij promoveerde naar de Eredivisie. Hij bereikte ook de play-offs voor Europees voetbal met NEC. In 2025 werd hij assistent bij Indonesië. "In de afgelopen periode zijn er diverse mogelijkheden geweest om weer als trainer/coach aan het werk te gaan", vertelt Pastoor op de officiële kanalen.

Het interim-duo Dennis van de Ree en Maikel van der Werff namen eerder de leiding over bij PEC Zwolle. Zij bleven wel assistent-trainers onder Pastoor. De Blauwvingers bleven in de vier competitie wedstrijden ongeslagen en behaalden acht punten. Daarmee zijn ze opgeklommen tot de dertiende plek. Wel werden ze door TOP Oss uitgeschakeld in de KNVB Beker.

Technisch directeur Gerry Hamstra is enthousiast over de keuze voor Pastoor. "We hebben naar meerdere opties gekeken, voor zowel de korte als lange termijn", zegt hij. "Over Alex waren we direct enthousiast en hebben we, ook door zijn eigen wens, gekozen voor een contract tot de zomer van 2027. Alex is een zeer ervaren trainer. Niet alleen als coach in Nederland, maar ook heeft hij bij diverse clubs in het buitenland gewerkt. Hij beschikt over een natuurlijke autoriteit en weet duidelijk de norm te stellen, zodat spelers weten wat er van hen wordt verwacht."