Wagner, die een spelcarrière van meer dan een decennium heeft gehad, heeft een rijke ervaring opgedaan bij clubs als Bayern München, Werder Bremen, Hoffenheim, Duisburg, Kaiserslautern, Hertha Berlijn, Darmstadt, Tianjin TEDA en de Duitse nationale ploeg. Hij stopte met voetballen in 2020 en ging vervolgens in de trainersfase treden. Hij begon bij Unterhaching en werkte later mee aan de Duitse nationale ploeg, waar hij de U20 en de senioren begeleidde. In juli 2025 nam hij de leiding over bij Augsburg.
Wagner heeft nu de taak om de promotieambities van Hannover te redden. De club eindigde vorig seizoen op de vierde plaats, maar miste de promotie- play-off plaats met slechts twee punten. Hannover is sinds hun degradatie uit de Bundesliga in 2019 in de tweede divisie geëindigd. Wagner's eerste wedstrijd als trainer van Hannover zal plaatsvinden op 20 september tegen Bochum.