Doukouré wilde in de zomer van 2024 naar Wolfsburg gaan, maar de club weigerde een aanbod van 18 miljoen euro. De relatie tussen Doukouré en de club is sindsdien gespannen. Hij werd zelfs uit de selectie gezet voor de eerste wedstrijd van het seizoen tegen Metz. Maar in augustus 2025 tekende hij een nieuw contract tot 2028 met een salaris van 250.000 euro per maand.
Ondanks zijn wens om te vertrekken, is Doukouré uiteindelijk blijven bij Strasbourg. De club heeft hem nodig, vooral nu Andrew Omobamidele, een 24-jarige Ierse verdediger, is uitgeleend aan Anderlecht. Strasbourg heeft echter nog genoeg verdedigers, waaronder Lucas Högsberg, Karim Coulibaly, Jeyland Mitchell en Hermann Malonga. De nieuwe trainer van Strasbourg, Hugo Oliveira, is blij dat Doukouré is gebleven. Hij is een belangrijke speler voor de club en heeft veel ervaring in de Ligue 1. Hij zal zondag tegen Troyes weer de captain zijn.