De Paraguayaanse middenvelder had al eerder last van dit probleem en was uitgevallen tegen Remo voor de Copa do Mundo. Hij reisde met de Paraguayaanse selectie om het te behandelen. Tijdens de Copa do Mundo speelde hij vier wedstrijden, waarvan hij twee als basisspeler en twee als reserve speelde. Hij was alleen uitgevallen tegen Frankrijk.
Toen hij terugkeerde naar São Paulo, was hij basisspeler tegen Athletico-PR, maar voelde hij pijn opnieuw. Hij was uitgevallen tegen Flamengo, maar keerde terug in de volgende wedstrijd en kwam in de tweede helft tegen Grêmio in actie. Ook tegen Bolívar was hij basisspeler, maar voelde hij pijn opnieuw.
Sinds 11 augustus is Bobadilla niet meer in actie gekomen. Hij is op het punt om terug te keren, maar zal waarschijnlijk niet in actie komen tegen Internacional op zaterdag. Bobadilla is optimistisch over zijn terugkeer na de Data Fifa-pauze. São Paulo speelt op 2 oktober tegen Santos.